Im Gemäuer der Kirche fand man einst angeblich die Reste einer Inschrift mit den Initialen MCL, was die Jahreszahl der Kirchengründung (1150) bedeuten könnte, wodurch auch die Entstehung von Zruč genauer bestimmt werden könnte. Ein erster schriftlicher Hinweis auf die Kirche Heiligkreuzerhöhung stammt jedoch erst aus dem Jahre 1334, wo sie als Pfarrkirche erwähnt wird. In der Kirche sind die Grabsteine der Herren von Zruč erhalten geblieben. Unter der Kirche soll sich eine Krypta der Patronatsgeschlechter befunden haben. Erhalten blieb auch die ursprüngliche Kirchenmauer. Im Jahre 1781 wurde die Kirche von einer Feuersbrunst zerstört, später umgebaut, ohne dass jedoch ihre vorherige Schönheit wiederhergestellt worden wäre. Bis 1826 war die Kirche von einem Friedhof umgeben. Bei einem Kirchenbrand im selben Jahr und im Zuge der nachfolgenden Reparatur wurde der Friedhof abgeschafft und die ausgegrabenen Gebeine in dem östlich der Kirche stehenden Beinhaus beigesetzt.